1、培肥改良土壤营养结构

这是生物肥料的主要功能之一。如各种自生、联合或共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源;多种溶磷、解钾的微生物如一些芽胞杆菌、假单胞菌的应用，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，使作物生产环境中的营养元素供应量增加;一些具有加速作物秸秆腐熟及促进有机废物发酵等作用微生物的应用还增加了土壤中的有机质含量，提高了土壤的肥力。生物肥料中有益微生物能产生糖类物质(占土壤有机质的0.1%)，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。

2、创造和协助作物吸收养分

通过生物肥料中所含微生物的生命活动，增加了植物营养元素的供应量，从而改善植物营养状况，使作物增产，其代表品种是根瘤菌肥料，肥料中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在根上形成根瘤，同化空气中的氮素供给豆科植物主要的氮素营养。另外，许多生物肥料中所含微生物种类还产生大量的各类植物生长刺激素、有机酸、氨基酸等，能够刺激和调节作物生长，使其生长健壮，营养状况改善。

3、增强植物抗病虫和抗旱能力

有些微生物具有拮抗某些病原微生物而产生的抑制病害作用，如近些年研究发现PGPR(植物根圈促生细菌群体)能分泌植物促生物质，对许多土传病害有减轻和降低其发生的作用，对植物病原线虫有生物控制作用。有些微生物如菌根真菌，由于在作物根部大量生长，菌丝除了吸收有益于作物的营养外，还有增加土壤对水分的吸收和保持，改善作物抗旱能力。

4、提高化肥养分有效利用率

随着化肥大量及长期不合理使用，肥料中的氮、磷、钾等主要营养元素被作物直接吸收利用的量减少，主要是被土壤固定和淋失，造成化肥的利用率不断下降。各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。生物肥料在解决这方面问题上有独到之处，如生物肥料中所含有的多种溶磷、解钾的微生物能活化被土壤固定的磷、钾等矿物营养，使之能被植物吸收利用;使用根瘤菌肥后由于固氮的增加可相应减少化肥的施用量。根据我国作物种类和土壤条件，采用生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤条件及农产品品质，减少污染。

5、改善和提升农产品品质

随着人们生活水平的不断提高，国内外都在积极发展绿色农业(生态有机农业)，生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用(或限量使用)化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则，使用生物肥料后对于提高农产品品质，如提高蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少硝酸盐的积累。

6、充分发挥在环保中的作用

利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。目前应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料(菌种剂)供应于堆肥厂(场)，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。

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